Madrasah Tsanawiyah Swasta Nurul Yaqin Benteng Kabupaten Kepulauan Selayar di dirikan pada Tahun 1986, tepatnya Tahun pelajaran 1986/1987 oleh satu Badan Pengurus yang diberi nama Badan Pengurus Perguruan Islam Nurul Yaqin Kabupaten Kepulauan Selayar pada saat itu, Adapun ketua Bapak Burhanuddin Idris (Almarhum) dan sekretaris Baharuddin Salena, S. A.g (Almarhum) yang dibantu beberapa orang tokoh Masyarakat Islam dan Tokoh Pendidik.
Latar belakang didirikannya MTs ini adalah karena masih kurangnya Madrasah dalam kota, sedang lulusan - lulusan SD pada saat itu tidak tertampung seluruhnya oleh SLTP yang ada dalam kota, ditambah lagi biaya Pendidikan pada saat itu, masih relatifi tinggi, sehingga tokoh masyarakat Islam dan tokoh pendidik, sepakat membentuk satu wadah sebagaimana tersebut duatas untuk mendirikan Madrasah Tsanawiyah yang diberi Nama Madrasah Tsanawiyah Swasta Nurul Yaqin Benteng Kabupaten Selayar pada Tahun 1986.
Tahun pertama beroperasi hanya minjam 1 (satu) ruangan yang berukuran 8 m x 7m milik Madrasah Ibtidaiyah salah satu binaan perguruan ini juga, dibawa Pimpinan Bapak Baharuddin Salena, S. Ag, atas pengunjukan Badan Pengurus Perguruan Islam Nurul Yaqin Kabupaten Selayar, terhitung mulai tanggal 1 Agustus 1986, sesuai hasil keputusan rapat Badan Pengurus pada tanggal 31 Juli 1986.
Dalam perjalanan 4 (empat) tahun, tepatnya tahun 1990, sesuai Piagam dari Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Sulawesi Selatan tanggal 29 Desember 1990 Nomor : Wt/6-c/PP.03.2/259/1990, telah terdaftar pada Departemen Agama dalam artian sudah berstatus terdaftar dan diberikan hak menurut hukum untuk menyelenggarakan Pendidikan dan pengajaran serta diperbolehkan untuk mengikuti ujian persamaan. Namun pada ujian tahun pelajaran 1988/1989 telah mengikutkan siswanya untuk ujian persamaan atas usaha Bapak Baharuddin Salena, S. Ag. Sebagai Pimpinan pada saat itu.
Ruangan yang berukuran 8 m X 7 m sebagaimana tersebut diatas, dibagi empat petak, masing-masing 3 (tiga) petak untuk ruangan belajar dan 1 (satu) petak untuk ruangan Dewan Guru dan Tata Usaha, karena tidak adanya lagi ruangan untuk dipakai, sehingga satu-satunya jalan yang ditempuh, untung pada saat itu masih kurang peminat masuk di Madrasah, sehingga masih bisa ditampung ruangan yang ada bagi pendaftar setiap tahun pelajaran, yang pendaftarnya tidak dibawah 15 orang anak didik setiap tahun pelajaran.
Alhamdulillah pada tahun anggaran 2001 telah mendapat bantuan dari Pemerintah Daerah, lewat Dinas Pendidikan Nasional Kab. Kepulauan Selayar dengan Dana Bantuan Langsung (DBL) Block Grant 2 (Dua) lokal, kemudian tahun anggaran 2003 mendapat juga bantuan dari Departemen Agama 3 (tiga) lokal dan tahun anggaran 2005 mendapat lagi bantuan dari Departemen Agama sebanyak 3 (tiga) lokal, sehungga jumlah ruangan sampai sekarang 8 (delapan) lokal.
Ruangan yang berukuran 8 m X 7 m tersebut diatas ditempati selama kurang lebih 15 tahun, yaitu mulai tahun pelajaran 1986/ 1987 s.d 2001/2002, selanjutnya tahun pelajaran 2002/2003 mulai menempati Gedung baru, yaitu di jalan sunu Kelurahan Benteng Selatan, Kecamatan Benteng, Kabupaten Kepulauan Selayar sampai sekarang.
Dan apabila kita ikuti perjalanan hidup Madrasah Tsanawiyah Nurul Yaqin Benteng dari awal berdirinya sampai sekarang sudah berusia kurang lebih 31 Tahun.
Dari usia 31 Tahun ini, sudah 7 kali mengalami perubahan pimpinan/ Kepala yaitu sebagai berikut :